O Reitor(a), que exerce também o Cargo de Presidente da Fundação, é a autoridade executiva máxima da Universidade.

O Reitor(a) e o Vice-Reitor(a), brasileiros(as), docentes de carreira da Universidade, serão nomeados(as) pelo Governador do Estado, na forma da Lei Estadual após processo de eleição direta com consulta à comunidade universitária, votação secreta, em que esteja presente a maioria absoluta dos votantes.

Poderão candidatar-se todos os professores de carreira do quadro permanente que estejam em efetivo exercício na instituição há pelo menos 5 anos imediatamente anteriores à data da eleição.

A consulta à comunidade será regulamentada pelo Conselho Universitário.

A duração dos mandatos de Reitor(a) e de Vice-Reitor(a) é de 04 (quatro) anos, permitida uma única recondução.

O Reitor(a) será substituído em suas faltas ou impedimentos pelo Vice-Reitor(a), que o sucederá em caso de vacância.

No caso de vacância do cargo de Vice-Reitor(a) antes da metade do mandato, a escolha do novo Vice-Reitor(a) será feita pelo Conselho Universitário, em prazo não superior a noventa dias.

No caso de vacância do cargo de Vice-Reitor(a), na segunda metade do mandato,a escolha do novo Vice-Reitor(a) será feita pelo Conselho Universitário, em prazo não superior a noventa dias.

Na vacância e impedimento do Reitor(a) e do(a) Vice-Reitor(a), assume um Pró-Reitor(a), que convocará eleições em prazo não superior a noventa dias para cumprimento, nos termos do art.57, ressalvado o caso quando a vacância ocorrer no último ano de mandato em que deverá ser escolhido pelo Conselho Universitário também para cumprir o mandato.